该评估坚持“自愿申请参加，免收参评费用”的原则，于2002年首次在全国开展，至2012年已完成3轮评估。2012年，学科评估结果显示，95个一级学科中，北京大学、清华大学、中国人民大学排名第一的一级学科数量分别达到16个、14个、9个，占总量约4成。

　　学位中心主任李军曾表示，任何评估都有局限性，希望各方合理利用数据，而不要过分关注得分。