首都医科大学的微生物学教研室是1960年建校时由我国微生物学界知名教授程松高、陈仁等筹建设立。1979年被批准为硕士学位授予学科。1996年被评为北京市重点建设学科。2000年免疫学单独建系，随后，微生物学教研室与寄生虫教研室合并为病原生物学系，2002年成为北京市重点建设学科，2003年被批准为博士学位授予学科。2008年成为北京市重点学科。

　　我教研室现有专任教师7名，其中教授2人，讲师5人。教师中具有博士学位4人，硕士学位1人，2名在读博士。五十岁以下教师5名，均具有或正在攻读博士学位。另有兼职教师3人，均为基础和临床微生物学领域的专家。教辅人员2人，其中具有硕士学位1人。

　　本教研室有两个主要研究方向：（1）病毒的致病机理与预防手段的研究：在致病机理方面，着重研究登革病毒与宿主细胞的相互作用，观察登革病毒进入宿主细胞的过程中，细胞骨架及参与其功能调控的Small G Protein 的作用，以及与上述细胞组分相互作用的病毒蛋白，期望为阐明登革病毒的致病机理提供理论依据。在预防手段方面，分别以日本脑炎病毒和登革病毒prM/E-NS1蛋白为靶点，构建与GM-CSF一并表达的双顺反子表达载体，分析其在真核细胞中的表达情况，并进一步研究其免疫原性和对感染的保护作用，期望为新型登革病毒疫苗问世奠定基础。（2）细菌与宿主细胞的相互作用：观察变形链球菌及其成分与免疫细胞和血管内皮细胞等相互作用的分子机制，着重观察细菌对宿主细胞的增殖、活化、细胞凋亡的影响及其分子机制。目前正在进行链球菌对血管内皮细胞的影响以及结核分枝杆菌抗原肽的研究。