要实现建设世界一流大学的奋斗目标，需要进一步提升“学术原始创新能力和服务国家重大需求能力，使一批学科步入世界一流行列”。为此，北大、清华提出优化学科布局，建立完善的学科发展机制，加强学科布局的顶层设计与战略规划。
　　北大在11个院系试点开展国际同行评议，以评估促进学科健康发展。从知识发展规律看，学术创新和新的知识增长点来自于学科交叉和知识集成。我国高校现有的自由松散的管理模式，以院系为主的资源配置模式和以论文为主的评价激励机制不利于学术创新。因此，需要改革现有的科研组织形式，建立学科交叉研究平台，成立面向重大科学技术问题、重大经济社会问题的跨院系研究机构，以培育学科建设和学术研究的新增长点。北京大学探索建立了理工医结合的创新研究机制，启动了“分子学科协同创新中心”“国际战略研究协同创新中心”等机构。北京大学、清华大学推动学科交叉融合创新，既体现了以综合优势推动自身学科跨越式发展、推动原始创新研究的要求，又是学校服务国家战略需求、以高水平科学研究服务国家发展的责任。