自主招生，在实际操作过程中，存在的另一重“副作用”是，它加重了教育的不公平。表面上看，招生政策面前人人平等，但事实上，通过自主招生进入大学的农村考生人数远低于城市考生。以2010年为例，北京大学颁布的自主招生新政“校长推荐制”学校名单中，竟然就没有一所高中在农村地区。农村考生在自主招生制度下，常常是处于劣势的一方。这种不公平，也体现在高校与高校之间。高考按考分批次录取，知名高校早已占尽了天时地利。如果再以“优质生源基地”的名义提前抢夺尖子生，长此下去，势必会挤压普通高校和普通高中的发展空间，剥夺大多数学生接受优质教育的机会，带来教育发展新的不均衡。这样的自主招生，我们理应向他们亮出红灯！

　　然而，这并不是说，自主招生就是一无是处，而是通过这样的反思，可以让我们寻找到更为有效的途径。我们首先要反思的是，如何将自主招生的宗旨——选拔那些不容易被发现的有特殊才能的学生——落到实处。这就要求我们的自主招生的试题，必须紧扣“特殊才能”这一要点。那么，我们的命题人，能把握好这个“命门”吗？其次，还应该反思公平，而且是倾斜中的公平。诚如杜玉波副部长所强调的那样，在确保选拔质量的基础上，要向扎实推进素质教育的地区和中学，以及中西部地区、农村地区中学的申请考生适当倾斜，促进入学机会公平。因此，向自主招生亮红灯，并不是最终目的，最终目的是，是引导自主招生向着科学的轨道上前行。