在新形势下，“双肩挑”政治辅导员制度面临着许多不容回避的挑战。在日益多样化的社会环境下，人们对思想政治工作的地位和价值，客观上存在不同的认识。与对业务骨干、学术带头人的重视和支持力度不断加大相对照，政治辅导员似乎受到了“冷遇”。甚至有部分教师认为辅导员是“业余活动 ”，业务搞好了才是“真本事”，有的甚至认为做辅导员工作是“不务正业”。

　　在当前社会和学校迅速变革的情况下，辅导员们在工作中面临的新情况、新课题越来越多，要求也越来越高。许多问题都没有现成的答案，都需要思想政治工作者们在实践中进行探索。此外，担任政治辅导员的硕士、博士们是学校科研的重要力量，辅导员的素质要求和自身的责任感都会迫使他们在学业上表现出色，科研上不甘落后。在一次调研中，60%以上的辅导员认为“业务学习与科研工作所造成的压力太大”是工作中的一个主要困难;认为自己理论水平不够的辅导员占64%;还有95%的辅导员反映“事务性工作太多，没有时间开展深入细致的思想工作”。